| 序号 | 科室名称 | 负责领导 | 负责人 | 承担的职责 |
| 1 | 办公室 | 王 勇 |
何 亮 | 机关日常事务、文会办理、政务信息、后勤管理、政务督办、政务公开、政务接待、机要保密、档案管理、建议与提案办理、目标绩效、营商环境、行业宣传、信访等工作。 |
| 2 | 财务科 | 范 璐 | 财务管理、政府采购、收支预决算管理、国有资本和资产监督管理等工作。 | |
| 余礼军 | 审计。 | |||
| 3 | 人事科 | 余礼军 |
唐华荣 | 机构编制、干部人事、劳动工资、社会保险、职称评审、职业教育培训、体制改革和队伍建设、科技、企业改制遗留问题、军转干部、离退休人员管理服务等工作。 |
| 4 | 机关党办 | 何迎春 | 机关党建、党风廉政建设、意识形态、精神文明建设、纪检监察、政风行风建设、关工委、工会群团等工作。 | |
| 5 | 行政审批科 | 黄火平 |
刘高源 | 行政审批、一体化政务服务平台、行业信用体系建设、“放管服”改革、审批服务便民化等工作。 |
| 6 | 交通战备办公室 | 冉 燕 | 国防交通网络布局、交通保障计划、国防运力动员、交通战备、双拥等工作。 | |
| 7 | 建设管理科 | 肖 伟 | 田 东 | 公路行政管理、公路水运工程质量管理，公路建设养护管理和农村公路建设、工程技术与质量安全监督、招投标和交通基础设施建设市场监管、农民工治欠保支、造价管理、遂潼一体化、涪江复航、城际环线、农村路网等工作。 |
| 余礼军 | ||||
| 农环线建设。 | ||||
| 黄火平 | ||||
| 水运建设与管理、厕所革命。 | ||||
| 8 | 法制科 | 张 扬 | 邹庆祝 | 交通法治建设和依法行政工作、规范性文件审查和备案、法律顾问和行政应诉、权责清单制定和调整、指导行业稳定、社会治安综合治理、扫黑除恶等工作。 |
| 黄火平 | ||||
| 政策研究。 | ||||
| 9 | 综合规划科 | 张 扬 | 邹 朋 | 交通规划、公路行政管理规划、编制年度项目计划、编制交通运输固定资产投资计划和年度计划、综合交通运输统计和交通扶贫、交通基础设施建设项目前期协调和管理、涉外和利用外资、脱贫攻坚帮扶等工作。 |
| 10 | 运输管理科 | 刘永志 |
秦 慧 | 渔船检验监管、道路运输、航务行政管理、城市公共客运管理、节能减排、文明城市创建、交旅融合、绿色发展、生态环境保护、禁毒、扫黄打非、12345和12328热线办理等工作。 |
| 11 | 安全应急科 | 邓卫国 | 公路、水路安全生产和政策应急预案，行业安全生产和职业健康、安全生产监督检查和宣传教育、突发事件应急管理、组织或参与有关事故调查处理、应急值班，行业消防、防汛、反恐、维稳等工作。 | |
| 黄火平 | 智慧交通及信息化建设 |